虹彩が大きな割合を占めており、人間でいう「白目」（球結膜）は通常見られない。ネコの眼の色、といった場合、虹彩の色を指す。眼の色は、色の濃淡などの違いがあるものの、おおむね以下の4種類に分けられる。
カッパー（銅）
ヘーゼル（薄茶）
緑
青
青い眼は白猫とシャム系のネコ（ポイントのあるネコ）に多く、白猫の場合は高い割合で聴覚障害を持っている。白猫の場合はオッドアイと言われる、左右の眼の色が違う場合も多い。この場合、青い眼の側の耳に聴覚障害を抱えると言われる。シャム系のネコの場合、立体視力に問題がある場合があるが、品種改良の結果、このようなネコは多くない。
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これらの眼の色の違いは、虹彩におけるメラニン色素の量で決まり、色素が多い順にカッパー、ヘーゼル、緑、青となる。人間など他の哺乳類の眼でも同様である。色素の量の違いは、元々生息していた地域の日光量の違いに由来すると言われる（日光量が多い地域では色素が多くなる）が、交雑の結果、現在では地域による違いはほとんど無くなっている。シャムネコの青い眼は北アジア由来と言われ、熱帯のタイ原産のシャムネコであるが、先祖の眼の色に由来するらしい。
生まれて間もない子猫の場合、虹彩に色素が沈着していない場合が多く、青目に見えることが多い。これを「キトゥン・ブルー」（Kitten Blue、「子猫の青」の意）と言う。生後7週間くらいから虹彩に色素がつき始め、徐々に本来の眼の色になっていく。